Wyniki tych badań wskazują, że na podstawie analiz genetycznych można wyróżnić grupy ludzi zgodne z ich pochodzeniem geograficznym. Należy jednak zachować ostrożność. Najłatwiejsze do rozróżnienia były grupy wyraźnie od siebie oddzielone przez bariery geograficzne. Właśnie pomiędzy takimi grupami różnice genetyczne są największe. Kiedy Bamshad i jego współpracownicy próbowali zaklasyfikować do odrębnej grupy, na podstawie 100 analizowanych polimorfizmów Alu, badanych z południowych Indii, okazało się, że mają oni więcej cech wspólnych z Europejczykami i Azjatami niż z innymi Hindusami. Ponieważ Indie podlegały wielu genetycznym oddziaływaniom z Europy i Azji, mieszkańcy subkontynentu indyjskiego nie stali się odrębną grupą. Wyciągnęliśmy stąd wniosek, że trzeba by zbadać kilkaset a może nawet kilka tysięcy polimorfizmów, by rozróżnić członków grup, które mieszały się w czasach historycznych z wieloma innymi populacjami.
Zważywszy, że ludzi można dzielić na grupy na podstawie danych genetycznych, nasuwa się pytanie, czy potocznie pojmowane rasy odpowiadają genetycznym różnicom między populacjami? W pewnych przypadkach rzeczywiście tak jest, ale nie zawsze. Ludzie z reguły definiują rasy według cech, na które wpływa dobór naturalny (takich jak kolor skóry czy rysy twarzy). Tymczasem grupy o podobnych cechach fizycznych, które wykształciły się w wyniku takiego doboru, mogą być mocno zróżnicowane genetycznie. Choć mieszkańcy subsaharyjskiej Afryki i australijscy aborygeni mają podobną pigmentację skóry (w wyniku dostosowania do silnego nasłonecznienia), pod względem genetycznym wcale nie są do siebie podobni. Grupy genetycznie zbliżone do siebie mogą być natomiast wystawione na działanie różnych czynników doboru naturalnego. W tym przypadku czynniki te mogą wzmacniać pewne różnice, dzięki czemu grupy wydają się różnić między sobą bardziej niż w rzeczywistości.
Ponieważ na takie cechy jak kolor skóry, duży wpływ wywiera dobór naturalny, nie muszą one odzwierciedlać procesów kształtowania się populacji odpowiedzialnych za rozmieszczenie polimorfizmów neutralnych, na przykład Alu, czy też tandemowo powtórzonych sekwencji DNA. Dlatego cechy czy polimorfizmy uzależnione od doboru naturalnego mogą nie być dobrymi prognostykami przynależności grupowej i sugerować genetyczne pokrewieństwo tam, gdzie w rzeczywistości jest ono niewielkie. Inny przykład trudności w kategoryzowaniu ludzi dotyczy populacji zamieszkujących USA. Większość osób określających się jako Afroamerykanie miała przodków, którzy jeszcze stosunkowo niedawno mieszkali w Afryce Zachodniej, a częstość występowania polimorfizmów u Afrykańczyków z zachodu kontynentu pozwala z reguły odróżnić ich od Europejczyków, Azjatów i amerykańskich Indian. A jednak podobieństwa genetyczne między Afroamerykanami i mieszkańcami Afryki Zachodniej nie tworzą wcale jednolitego wzoru, ponieważ Afroamerykanie mieszali się intensywnie przez stulecia z grupami z innych części Afryki i świata.